Тут бы по теории бд что-то почитать.
Если вкратце:
1. Есть таблица Users (ID, Name). Вот в ней ID должен быть уникален.
2. Делаем таблицу Phones (ID, UserID, PhoneNumber). В ней ID тоже уникален, но это ее ID, а к пользователю она привязывается через поле UserID. И этот UserID в таблице Phones уже не уникален. Это просто внешний ключ на таблицу Users.
А для избежания дублирования телефонов у одного юзера можно сделать уникальный индекс по полям UserID, PhoneNumber.